O CIEPNI foi estabelecido na Faculdade de Medicina da Bahia em resposta à crescente necessidade de expandir os estudos e pesquisas em saúde voltados para as populações negra e indígena, bem como para as comunidades tradicionais, incluindo os quilombolas, que enfrentam desafios e desigualdades significativas em relação à saúde. Sua sede está localizada na Faculdade de Medicina da Bahia, no coração do centro histórico de Salvador, Largo do Terreiro de Jesus.
1) Desenvolver projetos colaborativos de pesquisa focados na saúde da população negra, indígena e comunidades tradicionais;
2) Colaborar com governos e organizações não governamentais para melhorar a saúde dessas populações;
3) Promover uma maior integração e internacionalização dos programas de pós-graduação da Faculdade de Medicina com teses de doutorado e dissertações de mostrado, primariamente sua sede está localizada no coração da Faculdade de Medicina da Bahia, no Largo do Terreiro de Jesus. focados na saúde da população negra, indígena e comunidades tradicionais;
4) Fomentar a diversidade e representatividade étnico-racial, garantindo a participação ativa e o protagonismo de indivíduos negros, indígenas e das comunidades tradicionais em programas de iniciação científica na graduação e como pesquisadores do CIEPNI;
5) Promover seminários, palestras e congressos, e democratizar o conhecimento científico por meio de visitas públicas e comunicação utilizando as redes sociais.