A BGM guarda um acervo de cerca de 100 mil volumes de teses, livros, folhetos e periódicos publicados entre 1557 e 1960. Ao longo dos anos, as coleções foram enriquecidas não só por aquisições como, também, por doações da sociedade em geral, especialmente depois do incêndio que atingiu a Faculdade de Medicina em 1905, quando grande parte do acervo da Bibliotheca foi perdido.
O acervo é constituído por obras impressas no Brasil e no exterior, organizadas em dez coleções: Acervo Geral, Estácio de Lima, Memória Institucional, Obras Raras & Especiais, Periódicos Científicos Históricos, Professores & Alunos, Referência, Teses Históricas da FMB, Teses Estrangeiras e Teses Nacionais.
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